對於有團體質疑環境保護署有條件批准新田/落馬洲發展樞紐環評報告，該署指，環評程序科學專業和公開透明，經充分考慮所有相關資料和意見，確定環評報告符合法定標準和要求才作出批准。
環保署表示，《環境影響評估條例》和其下《技術備忘錄》定下科學客觀標準和要求，更為不同範疇指定專業主管當局全面審視所有環評報告。環評程序由工程項目倡議人提交工程項目簡介開始，所有步驟在網上公開並設有兩階段公眾查閱期諮詢，讓公眾及環境諮詢委員會全面提出意見。
環保署從七方面回應個別團體就上述環評報告提出的質疑，包括《技術備忘錄》、生態影響和補償有效性、對雀鳥和歐亞水獺的影響，緩解和補償措施等。
該署重申，《技術備忘錄》就環評研究概要要求有清晰指引，備忘錄附件3更列出所有需要考慮的因素。部門已按照備忘錄，確定研究概要涵蓋所有需要評估的環境課題，並符合所有相關要求。
此外，環評報告根據備忘錄要求，按「避免」、「抑減」、「彌償」的優先次序原則，避開拉姆薩爾濕地、保留米埔隴村鷺鳥林核心區域及米埔村鷺鳥林等；並按照備忘錄及相關環評指南進行12個月生態基線調查，涵蓋鷺鳥林及夜棲地上空的雀鳥飛行路線調查，生態影響評估也考慮因覓食地損失或干擾而對白鷺和蒼鷺繁殖造成的間接影響。
環保署充分考慮環評報告公眾查閱期間收到的意見，並按《技術備忘錄》徵詢相關專業主管當局，環諮會也一致通過環評報告及其建議。該署期望透過環評程序優化項目，使新田/落馬洲發展樞紐能提升生態環境，成為可持續、宜居和城鄉與自然共融的地方。
