施政報告提出深化醫療體系改革。政府會全面審視醫療體系的定位和目標，改革醫院管理局、衞生署和基層醫療署的職能和分工，立法強化基層醫療管治架構，賦權基層醫療署設立質素保證和監察機制，同時推進私營醫療質素效益和收費透明度改革。
行政長官李家超今日發表施政報告時說，政府會全力推進基層醫療發展，包括立法賦權基層醫療署設立質素保證和監察機制；制訂社區藥物名冊並推出社區藥房計劃；重整母嬰健康及家庭計劃服務，加強生育輔導和育兒教育；擴大慢性疾病共同治理先導計劃至血脂檢查；針對常見癌症以風險為本逐步制訂篩查計劃等。
政府也會強化醫管局的公營醫療服務，包括探討收費架構和水平；加強集中各聯網的藥械採購；運用香港基因組中心基因數據制訂遺傳和罕見病目錄：在兒童醫院全面整合各聯網兒科；敲定第二個醫院發展計劃項目和時間表；優化專科門診的分流制度和轉介安排等。
為了提升醫療服務質素和效益，李家超表示，政府會組織專業平台制訂臨床指引，並研究建立公私營醫療服務質素和效益基準，也會為公私營醫療系統編製質素指標，並探討就私營醫療收費透明度立法，預計明年諮詢業界。
此外，政府會修例要求所有醫護提供者須將重要健康數據存入市民的個人醫健通戶口，令市民有更整全的電子病歷以加強醫療服務連貫性。
為增加醫生數目並配合香港發展成為國際醫療創新樞紐，政府支持本地大學籌建第三間醫學院，將成立工作組邀請有意開設新醫學院的大學提交建議書。政府會在北都牛潭尾預留土地，發展新醫學院校舍和新綜合醫教研醫院。
另外，政府明年公布《中醫藥發展藍圖》，助力中醫藥國際化。
精神健康方面，政府會加強醫、教、社協作，制訂「精神健康分層護理模式」，並在校園加大推廣《4Rs精神健康約章》，推出高中和初小的「精神健康素養」資源套，明年第二季建立青少年情緒健康即時網上支援平台。政府也會設立「精神復元人士過渡支援服務隊」，支援輪候中途宿舍服務的離院人士。
