對於所謂人權觀察和香港民主委員會發表有關香港學術自由情況的報告，特區政府予以強烈譴責和反對，指報告內容全屬惡意抹黑、以偏概全，必須指出其謬誤，以正視聽。
特區政府表示，香港居民基本權利和自由根據《基本法》在憲制層面獲得保障，香港特區維護國家安全的法律特別重視人權。《香港國安法》和《維護國家安全條例》明確規定特區維護國家安全應當尊重和保障人權，依法保護根據《基本法》、《公民權利和政治權利國際公約》和《經濟、社會與文化權利的國際公約》適用於香港的有關規定享有的權利和自由。任何根據相關法律所採取的措施或執法行動均須符合此原則。
《香港國安法》實施後，香港居民繼續享有各項權利與自由，包括學術研究、文學藝術創作和其他文化活動的自由、發表自由、集會自由、結社自由等。《基本法》第137條列明各類院校均可保留其自主性並享有學術自由。香港居民可依法行使發表自由的權利，包括基於事實而對政府施政或官員決策作出批評。
《香港國安法》和《維護國家安全條例》清楚訂明構成罪行的元素和刑罰、例外情況和免責辯護，按法治原則堅持積極防範、依法制止和懲治危害國家安全的行為和活動，只針對極少數危害國家安全的人和組織，保障廣大市民的人身和財產安全，奉公守法人士包括學生、學者及其他學術界人士不會從事危害國家安全的行為和活動，不會誤墮法網，根本無須擔心。
特區政府留意到所謂報告引用的大多數受訪者使用化名，這是反華勢力慣常使用的技倆，令人難以確定受訪者是否真有其人，所謂報告的真實性及可信性存疑。對於報告捏造香港學術自由被削弱的不實內容和不負責任言論，特區政府指，學術自由是香港一直推崇的重要社會價值，也是香港高等教育界賴以成功的基石。
特區政府致力維護學術自由和院校自主，兩者均獲《基本法》保障。這些保障明確及具體，其效力從未變更。《香港國安法》實施以來，本港學者和專上院校繼續與境外和校外合作夥伴進行正常交流活動。
特區政府表示，國家安全是社會繁榮穩定、市民安居樂業的根本；沒有安全，沒有穩定，一切都無從談起，且不應忘記2019年香港有過的慘痛經歷，包括大學校園內的暴亂，嚴重打斷一切正常教學及學術研究工作。《香港國安法》和《維護國家安全條例》兼容互補，為香港構建維護國家安全的屏障，確保各界別包括高等教育界在安全和穩定環境下持續發展，學者和學生可於穩定、安全、具包容性的環境研習。
